Odsjek za kontrolu životnih namirnica vrši stručne i druge poslove koji se odnose na: pripremanje i poduzimanje odgovarajućih mjera, radnji i postupaka radi izvršavanja poslova u oblasti kontrole životnih namirnica; kvalitativna, kvantitativna, higijenska i zdravstvena ispravnost namirnica biljnog i animalnog porijekla; kontrola prisustva bakterija, virusa, gljivica i sl. uzročnika promjena u kvalitetu životnih namirnica i izdavanje izvještaja o izvršenoj mikrobiološkoj, fizikalno-hemijskoj analizi i analizi na prisustvo teških metala i ostataka pesticida u životnim namirnicama; obavlja i druge poslove u nadležnesti Odsjeka.